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Thomas Keller 2023-11-10 19:01:50 +01:00
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67
Workstations-CDS.md
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@ -1,67 +0,0 @@
# CDS Workstations
## Übersicht
Der Studiengang CDS stellt seinen Studierenden folgende IT-Infrastruktur zur Verfügung:
| Typ | Hostname | Berechnungsart | Zugriff | Bemerkung
| ------------- |----------------| ----------| ----| ---------
| Workstation | mercury.fhgr.ch | GPU bound | ssh mit FHGR Credentials|
| Workstation | nickel.fhgr.ch | GPU bound | ssh mit FHGR Credentials|
| Workstation | helium.fhgr.ch | GPU bound | ssh mit FHGR Credentials | Abschaltung per 30.6.23
| Workstation | lithium.fhgr.ch | GPU bound | ssh mit FHGR Credentials | Abschaltung per 30.6.23
| Workstation | krypton.fhgr.ch | GPU bound | ssh mit FHGR Credentials | Abschaltung per 30.6.23
## Softwareinstalltionen auf den Workstations
Da es sich bei allen Rechnern um **Mehrbenutzersysteme** handelt, ist der Zugriff mit **su oder sudo auf den Workstations abgeschaltet**. Zusätzliche Software für Berechnungen, wie Tensorflow, können jedoch im Home des Benutzers installiert werden und zwar mit
- Miniconda
- Apptainer
*Hinweis: Docker ist auf den HPC Workstations nicht verfügbar. Dockercontainer können jedoch mit Apptainer ausgeführt werden*
## Installation mit Miniconda
```
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
rm Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
```
Neue Virtuelle Umgebung erstellen und aktivieren
```
coda create --name <ENVNAME>
conda activate <ENVNAME>
```
Virtuelle Umgebungen anzeigen: `conda env list`
Software suchen und installieren
```
conda search <PKGNAME>
conda install <PKGNAME>
```
Upate von Python:
```conda update python3```
Update aller Pakete:
```conda update --all```
Update von Conda:
```conda update -n base -c defaults conda```
## Apptainer
Apptainer (ehemals Singularity) ist ein *Containersystem* das für den Einsatz auf HPC Systemen optimiert ist. Apptainer unterstützt verschiedene Clustertechnologien wie Infinband, SLURM und MPI. Da Apptainer den OCI Standard unterstützt, können neben Apptainerimages auch Container von Dockerhub oder Nvidia (https://catalog.ngc.nvidia.com/containers) unter Apptainer ausgeführt werden.
Auf unsren Workstations kann damit in einem Container eine Runtime für GPU und CPU Berechnungen mit Frameworks wie Tensorflow, Conda etc. ausgeführt werden.
## GPU Berechnungen mit Apptainer
Damit Tensorflow die GPUs auf den Workstations zur Berechnung nutzt, müssen verschiedene Komponenten im Container und der Workstation vorhanden sein. Grundsätzlich sind dies: