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CDS Workstations
Übersicht
Der Studiengang CDS stellt seinen Studierenden folgende IT-Infrastruktur zur Verfügung:
| Typ | Hostname | Berechnungsart | Zugriff | Bemerkung |
|---|---|---|---|---|
| Workstation | mercury.fhgr.ch | GPU bound | ssh mit FHGR Credentials | |
| Workstation | nickel.fhgr.ch | GPU bound | ssh mit FHGR Credentials | |
| Workstation | helium.fhgr.ch | GPU bound | ssh mit FHGR Credentials | Abschaltung per 30.6.23 |
| Workstation | lithium.fhgr.ch | GPU bound | ssh mit FHGR Credentials | Abschaltung per 30.6.23 |
| Workstation | krypton.fhgr.ch | GPU bound | ssh mit FHGR Credentials | Abschaltung per 30.6.23 |
Softwareinstalltionen auf den Workstations
Da es sich bei allen Rechnern um Mehrbenutzersysteme handelt, ist der Zugriff mit su oder sudo auf den Workstations abgeschaltet. Zusätzliche Software für Berechnungen, wie Tensorflow, können jedoch im Home des Benutzers installiert werden und zwar mit
- Miniconda
- Apptainer
Hinweis: Docker ist auf den HPC Workstations nicht verfügbar. Dockercontainer können jedoch mit Apptainer ausgeführt werden
Installation mit Miniconda
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
rm Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
Neue Virtuelle Umgebung erstellen und aktivieren
coda create --name <ENVNAME>
conda activate <ENVNAME>
Virtuelle Umgebungen anzeigen: conda env list
Software suchen und installieren
conda search <PKGNAME>
conda install <PKGNAME>
Upate von Python:
conda update python3
Update aller Pakete:
conda update --all
Update von Conda:
conda update -n base -c defaults conda
Apptainer
Apptainer (ehemals Singularity) ist ein Containersystem das für den Einsatz auf HPC Systemen optimiert ist. Apptainer unterstützt verschiedene Clustertechnologien wie Infinband, SLURM und MPI. Da Apptainer den OCI Standard unterstützt, können neben Apptainerimages auch Container von Dockerhub oder Nvidia (https://catalog.ngc.nvidia.com/containers) unter Apptainer ausgeführt werden.
Auf unsren Workstations kann damit in einem Container eine Runtime für GPU und CPU Berechnungen mit Frameworks wie Tensorflow, Conda etc. ausgeführt werden.
GPU Berechnungen mit Apptainer
Damit Tensorflow die GPUs auf den Workstations zur Berechnung nutzt, müssen verschiedene Komponenten im Container und der Workstation vorhanden sein. Grundsätzlich sind dies: